Berdirinya Persekutuan Mahasiswa Kristen Yogyakarta (PMKY) dimulai dengan kehadiran enam mahasiswa dari Yogyakarta yang diundang mengikuti Kamp Nasional Mahasiswa (KNM) ke-2 di Simongan, Semarang, pada bulan Februari 1976.
Sepulang KNM, mulailah mereka merintis persekutuan, dengan persekutuan perdana pada tanggal 7 Maret 1976. Tanggal tersebut kemudian ditetapkan sebagai hari ulang tahun PMKY dan Perkantas DIY. Meski hanya 6 orang, tetapi mereka bersungguh-sungguh dalam doa dan pendalaman firman Tuhan di Kapel STT Duta Wacana. Kira-kira 6 bulan kemudian, berdirilah Persekutuan Mahasiswa Gama dan Sanata Dharma yang kadang-kadang bertemu di Kapel STT Duta Wacana dan rumah Dr. Judy Bean. Dengan semangat yang meluap-luap, dua bulan kemudian terselenggaralah RC yang pertama di Wisma Salam, tepatnya tanggal 21-23 Mei 1976, yang dibimbing oleh Bapak dan Ibu Iman Santosa serta Sr. Nyoman. Dengan jiwa yang segar sepulang dari RC, mereka semakin bersemangat dan mahasiswa yang hadir dalam persekutuan semakin meningkat. Persekutuan juga semakin memiliki rasa persaudaraan yang akrab.
Pada bulan September 1976, dibentuklah sebuah Badan Pengurus yang bernama Persekutuan Pemahaman Alkitab Mahasiswa Yogyakarta (PPAMY). Tahun 1977, persekutuan ini menyelenggarakan Kamp KTB di Wisma Salam dengan 27 orang peserta dari berbagai universitas, yaitu UGM, STT Duta Wacana, Akwa, IKIP Negeri, Sipil Atma Jaya, Akademi Akuntansi, dan beberapa wakil dari persekutuan Semarang. Kamp ini mengambil tema “Ikutlah AKU” dan sub tema “Ambilah Keputusan.” Pembimbing kamp adalah Bapak Iman Santoso dan Bapak I.Y. Cairns. Puji Tuhan, kamp tersebut menghasilkan 5 KTB baru.
Pada bulan Maret 1978, terselenggaralah Kamp PPAMY II di Pakem. Selain dihadiri oleh para mahasiswa, kamp ini dihadiri juga oleh 4 siswa. Tuhan bekerja luar biasa dalam kamp, sehingga 4 siswa tersebut dimenangkan untuk Kristus. Sepulang dari kamp, mereka mulai membentuk Persekutuan Siswa Kristen Yogya (PSKY) di SMA N I dengan 12 kelompok KTB. Sementara itu, anggota yang tebeban menjadi kelompok inti PPAMY bertambah menjadi 15 orang. Pertengahan 1978, PPAMY mempunyai pengurus yang tetap dan PPAMY melebur menjadi PMKY yang bekerja sama dengan Perkantas.
Di tahun 2013 ini ada beberapa kampus yang dilayani melalui kelompok kecil, yaitu UGM (Fakultas Teknik, Ekonomi dan Bisnis, Pendidikan Dokter, FISIPOL, Geografi, Psikologi, Biologi, Peternakan, Kedokteran Gigi, Farmasi, Hukum, Sekolah Vokasi Jurusan Diploma Teknik Sipil, Ekonomi), Universitas Atmajaya, Universitas Sanata Dharma, Universitas Sarjanawiyata Taman Siswa, Universitas Kristen Duta Wacana, Lembaga Pendidikan Perkebunan, Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional, Insitut Seni Indonesia, Sekolah Tinggi Teknik Adisutjipto, Akademi Fisioterapi Indonesia YAB dan Universitas Teknologi Yogyakarta, dengan jumlah AKTB 149 orang dan PKTB 40 orang.
4 April 1978 dicatat sebagai hari lahirnya Persekutuan Siswa Kristen Yogyakarta (PSKY). Pada tanggal tersebut, sekitar 20 siswa dari berbagai SMA mengadakan persekutuan untuk pertama kali dan berkomitmen untuk menjadikannya sebuah kegerakan pelayanan yang dimotori oleh para siswa sendiri. Persekutuan ini terus berkembang dan menginisiasi bertumbuhnya kegerakan pelayanan siswa di Yogyakarta. Tahun 1982 hingga 1984 adalah masa-masa penggabungan diri PSKY ke Perkantas karena mengantisipasi UU Ormas tahun 1985.
Pola pembinaan yang dilakukan adalah melalui penggalian Alkitab secara berkelompok (KTB) dan pembentukan komunitas-komunitas pertumbuhan rohani. Dalam mengerjakan pembinaan di sekolah-sekolah, PSKY bekerja sama dengan pengurus persekutuan siswa sekolah, guru agama Kristen, dan pihak sekolah. Pelayanan siswa didampingi oleh mahasiswa-mahasiswa yang pernah dibina selama siswa, yang kemudian memberikan waktu dan tenaganya untuk kembali membina siswa, di bawah pendampingan oleh staf pelayanan siswa Perkantas.
Saat ini ada 7 siswa dari 6 sekolah (SMA 6, SMA 7, SMA 8, SMA 10, SMA 11, SMA 1 Depok) yang menjadi pengurus PSKY, didampingi oleh 15 orang mahasiswa dan alumni yang melayani dalam Tim Pembimbing Siswa (TPS). Pelayanan KTB saat ini menjangkau SMA 1, SMA 6, SMA 7, SMA 8, SMA 10, SMA 11, SMA 1 Depok dan SMA Bopkri Banguntapan.
Setiap Jumat ke-empat, PSKY mengadakan persekutuan umum bekerja sama dengan persekutuan-persekutuan sekolah dengan materi-materi yang mendorong pertumbuhan rohani dan karakter siswa Kristen dan memperlengkapi mereka dengan keterampilan yang berguna dalam mengelola kehidupan sehari-hari dan pelayanannya. Saat ini, pelayanan siswa menjangkau ke kota Bantul, Wates, dan Wonosari.
Pelayanan alumni menjadi fokus saat ini, mengingat banyaknya alumni yang setelah menyelesaikan studi masuk dalam dunia yang baru (kerja, keluarga, studi lanjut, wiraswasta, dsb.), mendapati situasi dan tantangan yang berbeda dengan dunia kampus. Pelayanan ini juga sejalan dengan visi Perkantas, yakni alumni yang menjadi berkat bagi bangsa, gereja, dan keluarga. Indonesia membutuhkan pemimpin-pemimpin yang takut akan Tuhan dan kompeten di bidangnya.
Titik berat pelayanan alumni adalah pembinaan dan penggembalaan, sehingga dibentuklah kelas Pemahaman Alkitab (PA) dan kelas Integrasi Iman Kristen. Pelayanan Alumni mengerjakan tiga kelompok sebagai fokus, yaitu pelayanan pra-alumni/alumni baru, pelayanan alumni (profesional/keluarga) dan pelayanan pasca sarjana (Graduate Christian Student Fellowship-GCSF).
Perkantas Jogja juga mengerjakan pelayanan medis, dengan visi: “Menghasilkan tenaga medis yang takut akan Tuhan, berintegritas, misioner dan profesional.” Sedangkan misinya adalah: (1) Menjangkau dan memuridkan tenaga medis sehingga menjadi tenaga medis yang takut akan Tuhan dan berintegritas dan (2) Menolong tenaga medis untuk menemukan dan mengenali panggilan Tuhan dalam kehidupannya. PMdKY mengerjakan dua hal besar, yaitu pembinaan dan pelayanan sosial. Pembinaan rutin berupa PA dan ibadah umum, sedangkan pelayanan sosial medis mengerjakan pelayanan mendukung pos kesehatan dari gereja Katolik Kotabaru tiap hari Minggu dan pelayanan sosial medis di sekitar Yogyakarta.