Secara struktur organisasi, Yayasan Perkantas terdiri atas Badan Pembina, Badan Pengawas, Badan Pengurus Nasional, Pengurus Harian Nasional, Sekretaris Jenderal, Badan Pengurus Cabang, Badan Pengurus Perwakilan, Badan Pengurus Ranting, dst.
Pelayanan Perkantas nasional dikoordinir oleh Pengurus Harian Nasional (PHN) yang diketuai oleh seorang Sekretaris Jenderal (Sekjen). Pelayanan Sekjen dibantu oleh Wakil Sekjen, Koordinator Divisi Mahasiswa, Koordinator Divisi Siswa, Koordinator Divisi Alumni, Koordinator Divisi Pengembangan Staf & Board, Koordinator Divisi Media, Koordinator Divisi Penguatan Daerah, dan Divisi Perintisan Daerah. Kepengurusan PHN berlangsung selama lima tahun tiap periodenya.
Di Kantor Nasional, Sekjen mengkoordinasikan Staf Kantor Nasional, yang terdiri dari Bidang Keuangan, Bidang Umum, Kesekretariatan, Relasi Donatur, dan Divisi Media.